Došlo k aktualizaci harmonogramu výzev na rok 2016, aktualizace byla schválena na jednání dílčí Plánovací komise per rollam pro prioritní osu 4 dne 6. 6. 2017. Provedená změna v harmonogramu se týká Prioritní osy 4 – Vzdělání a vzdělanost a podpora zaměstnanosti, konkrétně navýšení alokace výzvy č. 20 – Modernizace vybavení a zařízení pražských škol z 200 mil. Kč na 300 mil. Kč a zároveň navýšení alokace výzvy č. 23 – Navýšení kapacit základního vzdělávání za účelem sociální inkluze z 300 mil. Kč na 400 mil. Kč. Další změna v harmonogramu se týká Prioritní osy 2 – Udržitelná mobilita a energetické úspory, která byla schválena na jednání dílčí Plánovací komise pro prioritní osu 2 dne 11. 5. 2017. Konkrétně byla navýšena alokace výzvy č. 13 – Zvyšování energetické efektivity v rámci objektů a technických zařízení pro zajištění provozu městské veřejné dopravy z 500 mil. Kč na 523 mil. Kč.